1.实体化石：这是指生物体本身部分或全部被保存下来的化石。

　　按保存方式有这样一些类型，一是树脂保存，这主要是琥珀一类的化石，被保存的对象主要是古节肢动物；二是坑沼保存，如陷入泥炭沼和沥青坑的动物，被保存的对象主要是古陆生脊椎动物；三是冰冻保存，这类化石相对比较年轻，如西伯利亚冻土中的一些第四纪大型古脊椎动物；四是石化作用。

　　按化石质地则有这样一些类型，一是“未变实体化石”，这类化石软件部分得到很好或较好的保存，如猛犸、一些琥珀、一些木乃伊化的化石。这类化石有着极高的研究价值。二是“微变硬化石”，这类化石软组织已经丧失，但留下了一些稍变性的硬组织部分（牙、甲壳、外骨骼等），另外生物体内原矿物质成分得以保留，虽经较弱的石化，但一些生物结构仍保存得比较完好。这类化石多是无脊椎动物如三叶虫、贝类等。三是“石化化石”。

　　2.模铸化石：这是指生物体在底质、围岩、填充物中留下的印模和复铸物。细分起来又有这样一些类型，一是印痕化石，二是印模化石，三是铸型化石，四是复型化石，究竟属于哪一种主要看化石与其围岩的关系。

　　3.遗迹化石：是指因古生物活动在底质沉积物表面或内部留下的痕迹和遗物，如动物的足迹、抓痕、爬痕、挖掘的洞穴，也包括诸如卵、动物的粪便、胃石等化石。从更为广泛的角度看，这类化石还应当包括古人类活动的劳动工具和文化遗物等。

　　4.化学化石：指古生物体虽没保存下来，但那些组成生物的有机成分经分解后形成各种有机物（氨基酸、脂肪酸等）却被保留在岩层中，从而可根据这个判断某古生物的存在。

　　其次，根据化石的尺寸可将化石分为大化石、微体化石和超微化石。